Tumbuh suburnya gejala intoleransi yang bernuansa agama tidak bisa lepas dari faktor-faktor yang melatarbelakanginya, salah-satu faktor yang tidak kalah berpengaruh dalam mendorong terjadinya sikap intoleransi atas nama agama di Indonesia adalah pendidikan. Pendidikan inilah yang membentuk karakter dan mampu mendorong seseorang melakukan segala tindakan, sehingga lembaga pendidikan apa pun jenisnya memiliki tugas besar untuk menghadapi persoalan ini.
Terlebih lembaga pendidikan keagamaan. Pesantren sebagai lembaga yang lahir dari kultur dan budaya Indonesia, mempunyai peranan penting bukan hanya sebagai lembaga pendidikan pencetak para ulama, tetapi juga menjadi lembaga pendidikan sosial yang mampu merawat kemajemukan masyarakat Indonesia.
Peran keagamaan dan sosial yang dimainkan oleh pesantren merupakan sebuah alasan, kenapa sampai sekarang lembaga ini masih eksis dan konsisten sampai sekarang. Hal ini dapat dibuktikan bahwa sejak awal munculnya, pesantren adalah sebuah lembaga kultural yang berfungsi menyebarkan dakwah dan lokomotif gerakan perlawanan penjajah.
Selain itu, juga sekaligus sebagai penggerak transformasi sosial-politik bangsa Indonesia pasca revolusi. Bahkan Gus Dur pernah mengatakan bahwa pesantren adalah sebuah kultur dengan pola kehidupan yang unik, yang mampu bertahan selama berabad-abad dengan nilai-nilai hidupnya sendiri.
Pada masa sekarang pesantren masih membuktikan peranannya, produktivitas moral religious, dan ketrampilan praksis yang dikembangkan pesantren kepada anak didiknya, mampu mewarnai dunia pendidikan, dan dinamika pemikiran di Indonesia.
Pesantren merupakan aset yang sangat penting bagi bangsa Indonesia ke depan, bukan hanya sebagai warisan budaya khas Indonesia tetapi juga sebagai pembentuk karakter serta penguat moral bangsa Indonesia. Sejarah panjang berdirinya negeri ini, tidak lepas dari kontribusi pesantren dan para tokohnya dalam mengisi dan mewarnai pola kemasyarakatan yang berbasis terhadap agama dan budaya.
Pesantren sendiri telah mencerminkan nilai-nilai kepeloporan, keikhlasan, kegigihan, kesinambungan, kegotong-royongan, kekeluargaan, toleransi, dan keindonesiaan. Bagi para peneliti dan pecinta ilmu, pesantren adalah sumber inspirasi yang tidak pernah kering. Lebih dari itu, pesantren telah menyelamatkan nasib pendidikan masyarakat kelas bawah di Indonesia.
Dengan segala kelebihan dan kekurangannya, pesantren berani mengambil risiko untuk menyelenggarakan pendidikan murah, sehingga banyak masyarakat pedesaan yang memilih lembaga ini sebagai solusi bagi pendidikan putra-putrinya.
Jika mengamati kondisi Indonesia, sejak awal pesantren mempunyai dampak positif terhadap perkembangan ilmu pengetahuan di negeri ini, dengan suguhan-suguhan kajian keilmuan yang bersifat tradisional maupun modern. Hadirnya pesantren telah membantu masyarakat dan juga pemerintah dalam mencerdaskan kehidupan bangsa. Selain sebagai lembaga pendidikan, pesantren merupakan lembaga keagamaan dan sosial yang mempunyai peran sebagai agen perubahan dan pembangunan masyarakat.
Sebagai lembaga sosial, pesantren telah menjadi pusat pemberdayaan untuk menciptakan sumber daya manusia yang memiliki kompetensi yang yang berkualitas dan berintegritas. Selain itu, pesantren telah berhasil merespon persoalan-persoalan kemasyarakatan, seperti mengatasi kemiskinan, memelihara tali persaudaraan, memberantas kebodohan, menciptakan kehidupan yang sehat dan lain sebagainya.
Sentuhan-sentuhan pesantren dalam peranannya sebagai lembaga social adalah implementasi pesantren sebagai lembaga pendidikan keagamaan. Melalui peranan sosialnya inilah, kemudian pesantren juga menjadi sebuah institusi yang inklusif yang mempunyai peran luas terhadap masyarakat, menuju terciptanya masyarakat yang adil, sejahtera, dan toleran.
Pendidikan berbasis agama ala pesantren telah berkiprah dalam mengenalkan problematika keragaman, yang tentu saja mengandung nilai-nilai yang mampu menumbuh-kembangkan sikap-sikap toleran, inklusif pada generasi muda. Dengan berdasar pada prinsip kurikulum pendidikan agama Islam, dengan berbagai komponen, bahan, metode, media, lingkungan, dan sumber belajar.
Pesantren adalah institusi pendidikan moderat dan akomodatif, yang memiliki cara pandang dan corak pemikiran tersendiri tentang radikalisme. Pesantren sebagai lembaga pendidikan yang berbasis ke-Islaman yang khas Indonesia, telah megajarkan kearifan lokal dan menyebarkan kedamaian serta memperkuat karakter. Konsep tawassuth, tasamuh, tawazun, dan i’tidal yang telah diajarkan para kiai di dunia pesantren menjadi bukti nyata, bahwa pesantren adalah institusi yang menyemai nilai-nilai perdamaian dan anti terhadap perbuatan intoleran.
Pesantren sebagai basis pendidikan yang asli Indonesia, sebagaimana dalam latar historisnya telah ikut andil dan berhasil menegakkan kemerdekaan Indonesia. Sudah seharusnya, di masa sekarang ini tradisi ini tetap dipertahankan dan dikembangkan dalam melaksanakan tugas-tugas perdamaian demi terciptanya relasi-relasi harmoni antar sesama manusia yang menghuni wilayah Indonesia.
Jika orang terjebak dalam sikap-sikap teks, literalis, atau hitam-putih memiliki kecenderungan mengekspresikan keagamaannya secara keras, hitam-putih, beberapa hal malah semacam arogansi kebenaran, prioritas keberagamaan yang gagah dan agung, tetapi dalam memperjuangkan keagungannya itu, tidak cantik sama sekali.
Dari sinilah peran pesantren dalam menjaga toleransi dan Indonesia tidak hanya melalui satu aspek saja yaitu pendidikan, tetapi juga melalui aspek-aspek lain yang merupakan dari manifestasi dari nilai-nilai pendidikan karakter dan ajaran Islam yang Rahmatan lil Alamin sebagaimana dijelaskan di atas.
leh karena itulah, dalam rangka menjaga toleransi dan kebhinekaan Indonesia. Pesantren harus up to date dengan isu-isu yang juga melatar belakangi munculnya sikap-sikap intoleran dan radikal, kemudian isu tentang Hak Asasi Manusia, Gender, dan yang paling penting adalah dakwah ala pesantren harus melek teknologi dan meramaikan dunia maya tanpa mengabaikan dakwah di dunia nyata.